北京四合院與元大都有著密切關(guān)系，可以說，北京四合院就是在元代初步規(guī)劃出來的。等到了明代，北京城在元大都的基礎(chǔ)上再次建造，嘉靖年間又在城南面增建了外城，從而形成了北京城凸字形的格局。明代住宅基本上延續(xù)了元代的布置，在建筑規(guī)模、式樣和裝飾上，已有親王、公侯、品官、百姓四個等級。

　　清朝承襲了明北京城的建筑格局，但是居住上實行了滿漢分城而居的限制措施，漢人全部遷到外城，滿族的達官顯貴在內(nèi)城建造宅第，規(guī)制講究，成規(guī)模的四合院大量涌現(xiàn)。清乾隆時期，北京四合院約占民居的一半，共計有大小四合院2.6萬多所。嘉慶朝以后，滿漢分居制度逐漸廢弛，有相當(dāng)實力的漢族官僚、富商開始在北京內(nèi)城建造宅院。道光朝以來，由于社會變革和動蕩，受外來文化的影響，北京的四合院建筑也發(fā)生部分改變。一些四合院建筑吸收西方的建筑元素，從而出現(xiàn)西式的大門、樓房和裝飾構(gòu)件、紋樣等。雖然這種形式從清代后期直至民國時期有逐漸增加的趨勢，但是四合院傳統(tǒng)的布局方式卻基本保持不變。

　　辛亥革命后，失去俸祿的滿蒙貴族和八旗子弟，開始變賣府邸和宅院以維持生計，部分原來的王府或大型官宅在變賣后被不斷地拆改、添建，逐漸支離破碎失去原貌。1936年10 月，北平市政府批準(zhǔn)市工務(wù)局提出的四合院房屋平斷面設(shè)計圖、工程做法及說明書。該說明書對墻面、地基屋頂、抹灰、仰棚等的選料、規(guī)格、式樣均作出詳盡闡述，在裝修、粉刷及油飾方面也逐一作出規(guī)定，但礙于時局戰(zhàn)亂無暇進展。這一時期，普通市民經(jīng)濟狀況每況愈下，只好將多余的房子出租，用租金補貼生活。四合院的居住性質(zhì)發(fā)生了變化，由單個家庭或單個家族使用的獨門獨院，開始變成多戶共用的雜居和混亂的大雜院。

　　新中國建立后，四合院房屋以居住用途為主。50年代，因年久失修，20%的房屋屬于“危、積、漏”。70年代后期，因城市人口增加，住房緊張，為解決缺房的燃眉之急，政府一度推廣“接、推、擴”。當(dāng)時四合院民居約有500萬平方米，其中100萬平方米質(zhì)量較好，“接、推、擴”后，共搭建棚屋200萬平方米，四合院內(nèi)的建筑密度提高了15%左右，房屋建筑雜亂無章。80年代，根據(jù)航測調(diào)查，城內(nèi)保存較好的四合院共有805處(不包括當(dāng)時公布的國家級和市級文物保護單位)，用地面積約115公頃，其中外城96處，用地面積9公頃;內(nèi)城709處，用地面積106公頃。這些四合院分布多集中在西四北一條胡同至八條胡同、豐盛胡同一帶和地安門、鑼鼓巷以及景山、東四街道辦事處所轄范圍。1990年11月23日，北京市人民政府批準(zhǔn)南鑼鼓巷和西四北一條至八條胡同為四合院平房保護區(qū)，四合院建筑面積約30萬平方米。

　　2016年出版的《北京四合院志》共收入北京地區(qū)(包括郊區(qū))四合院923座。這些院落嚴(yán)格限定于民居，是由正房、倒座房和兩側(cè)的廂房構(gòu)成圍合體的四合院。東城區(qū)現(xiàn)存建筑形制較完整、保存較完好的院落500余座，其中被列為全國重點文物保護單位的四合院3處，市級文物保護單位27處，區(qū)級文物保護單位17處。西城區(qū)四合院現(xiàn)存形制較完整、保存較完好的400余座，其中被列為全國重點文物保護單位的四合院4處，市級文物保護單位19處，區(qū)級文物保護單位8處。北京郊區(qū)的門頭溝、房山、延慶、密云也保留有符合建筑規(guī)制的四合院，有的是百年前留存至今的，而其他區(qū)幾乎無存。